Voici ce que le fruit de mes recherches fait ressortir (on sait jamais, des fois que ça interresse quelqu'un ^^):
Les pots en
terre cuite étaient utilisés de tout temps, ce n'est pas une grande révélation.
A partir du X° siècle, les premières
céramiques vitrifiées sont utilisées.
Un document datant du XII° fait mention de coupes céramiques avec un revêtement de glaçure monochrome (Dans le document, ces coupes sont employées pour l'ornementation des édifices religieux, mais peu importe, la technique est utilisée et on le sait).
Au XIII° siècle est utilisé la
faïence (poterie recouverte d'une glaçure à base d'étain, appelé "émail blanc"), au moins en Espagne. Les routes commerciales permettant un échange privilégié avec le sud-ouest de la France, je présume qu'on pouvait trouver de la faïence en France à la fin du XIII°.
La
porcelaine, inventée en Chine au VII° siècle, est diffusée dès le VIII° en Orient. Je n'ai pas trouvé d'évocation explicite de la porcelaine au XIII° en France, mais encore une fois je présume qu'il était possible d'en avoir l'usage en France au XIII°.
Au XIII° siècle est fait mention à Naples, carrefour commercial et intellectuel avec le monde arabe, de pots en
majolique et en encaustique. Ces matières sont immédiatement reconnues comme meilleures que les terres vernissées pour les pots à apothicaire. Le Roi Charles d'Anjou fit appel à des artistes de France pour la construction de son palais à cette époque, on pourrait donc présumer que cette matière était connue en France au même moment, ou peu après.
Concernant les
bouchons, j'ai enfin trouvé un texte...
L'argile recouvert de tissu (lin ?) serré par un lien permettait de recouvrir et fermer hermétiquement les pots des apothicaires.
Mes présomptions ne sont pas des preuves, mais ce niveau de connaissance me suffit pour ce que j'ai à faire.
Pour ceux qui voudraient aller plus loin, visitez ces sites où vous trouverez des références historiques précises (Bonne base pour commencer):
http://www.roquebrune-ceramique.com/
http://www.encyclopedie-universelle.com/abbaye-medecine-soins3.html
Pour résumer, mes choix personnels, à priori histo-compatibles pour la fin du XIII° dans le sud-ouest de la France:
Mortier en pierre, le granit me semble en effet le mieux.
Fioles en verre transparent.
Bouchons en argile recouverts de lin.
Pots en céramique émaillée ou en bois (selon son contenu: sec, huileux, etc...), je retiens l'olivier pour ce dernier.